Hast du bereits versucht nicht relevante Ebenen auszublenden oder am besten zu löschen, beziehungsweise eine leere transparente Ebene als Grundebene anzulegen?
Ich habe zwar schon lange kein GIMP mehr benutzt, meine aber, dass es beim abspeichern von .png Bildern eine Checkbox gab, welche sicherstellt ob transparente Bereiche als solche dargestellt oder aber gefüllt werden. Vielleicht ist diese nicht aktiviert.
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bezüglich der Fehlermeldung, was genau ist mit "es wird deckend gepeichert" gemeint, wird keine Transparenz dargestellt oder kommt einfach nur die Meldung, es hat ansonsten aber keine Folgen?
Eine weitere Möglichkeit wäre auch noch das Farbprofil zu überprüfen viele indizierte Profile haben eigenartige Eigenschaften.