Nicht, dass ich großartig Ahnung hätte, aber:
Das deutet AFAIK darauf hin, dass die Videoaufzeichnung vorzeitig abgebrochen wurde oder aus sonstigen Gründen etwas am Ende der Datei fehlt (zum Beispiel ins 4GB-Limit von FAT32 gelaufen oder so). Das Moov-Atom wird bei der Aufzeichnung am Ende der Datei als letztes eingefügt. Vorher weiß der Encoder ja nicht, wie viele Frames er denn nun verarbeitet hat.
In späteren Bearbeitungsschritten wird das Moov-Atom allerdings dann auch gerne an den Anfang der Datei verfrachtet, damit man z.B. beim Streaming im Web nicht erst die ganze Datei ziehen muss, bevor die Wiedergabe beginnen kann. Wurde die Datei also schon irgendwie aufbereitet, kann es auch sein, dass am Anfang was fehlt bzw. kaputt ist.
In jedem Fall stehen in dem Moov Atom genau die Sachen drin, die der Dekoder wissen muss, um seine Arbeit machen zu können. Ohne das Teil wird es also... kompliziert. Wenn man zumindest eine gleichartig kodierte, intakte Datei hat, kann man versuchen, sie als Muster zu benutzen, um mittels Software wie bspw.
Untrunc die beschädigte MP4 zu reparieren. Selbst gemacht habe ich das aber auch noch nicht.