Vorweg: Wie gut AMDs Ryzen mit Linux harmoniert, kann ich nicht beurteilen.
Die einzigen Mainboards, die derzeit PCIe 4.0 unterstützen, sind die AMD-Boards mit X570 Chipsatz. Diese sind aber unverschämt teuer; ob aber die noch folgenden "kleineren" 500er Chipsätze ebenfalls PCIe 4.0 unterstützen werden, ist nicht sicher.
Weiters sind derzeit auch nur die beiden RX 5000er Karten von AMD auf PCIe 4.0 ausgelegt. Das wird also wohl noch eine zeitlang dauern, bis PCIe 4.0 Standard wird.
Wenn es beim Sechskerner bleibt, sollte der Ryzen 3600 ohne X ausreichen. Der ist kaum 5% langsamer. Wenn du oftmals VMs nutzt, wäre ein Achtkerner (Ryzen 7) ggf. ein sinnvolle Wahl.
Übertakten kannst du bei den Ryzen aber vergessen, die laufen schon sehr an ihren Limits, bzw. müsstest du wohl eher auf Wasser- oder gar Stickstoff-Kühlung zurückgreifen, um die noch signifikant zu übertakten.
Beim RAM ist derzeit zu beobachten, dass er seit etwa zwei Monaten wieder deutlich steigt. Ob hier ein Warten lohnt