Nach dem Launcher darfst du nicht gehen. Der wird dir immer nur irgendwas - in deinem Fall 900p - anzeigen. Der Launcher ist eine Bedien-Oberfläche für Spiel-Einstellungen und zeigt nicht alle Möglichkeiten an. Wenn du in der *.ini die richtige Auflösung hast - dann läuft das Spiel auch damit. Du darfst nur eines nicht machen: Den Launcher nochmal aufrufen, im Feld für die Auflösung 900p drin lassen und dann SAVE UND EXIT.
Mein Rat:
1. Im Launcher alles einstellen (meinetwegen auch 900p)
2. In der ini die richtige Auflösung eintragen.
3. Die ini mit Schreibschutz versehen oder den Launcher nie wieder anfassen 
Folgendes habe ich gerade über Fallout 3 gelesen - könnte dir auch helfen:
* Dual monitors? Either disable 2nd monitor (Windows key + P) or set same res on both.
edit: ... gleiche Auflösung an beiden Monitoren einstellen geht ja nicht - also wirst du evtl. einen de-aktivieren müssen.