Ja, man könnte auch sich fragen wieso Shepard bei Cerberus bleibt. Aber es gibt nun mal einen Grund den das Spiel liefert. Und auch ME deutet es ein wenig an. Die Allianz glaubt Shepard nicht und schon gar nicht will sie so handeln wie Shepard es für notwendig erachtet und auch Kaidan/Ashley scheinen in dieser Richtung eher der Allianz zu folgen satt selbständig nachzudenken. Für Shepard blieb ja nur Cerberus, die Shepard eben mit allem ausgestattet hat was er benötigt. Wieso sollte Shepard also wieder zur Allianz gehen?
Außerdem hat sich die Allianz nicht hinter seinen Soldaten (und ersten Spectre der Menschen) gestellt sondern brav das unterstützt was ihr zwielichtiger Botschafter gesagt hat. Shepard hatte sich nämlich bei der Allianz beschwert, dass seine Normandy ausgeschaltet wurde. Die Allianz ist nicht mal mehr ans Telefon gegangen so wie ich Shepard verstanden habe. Noch ein Grund warum Cerberus zu dem Zeitpunkt das geringere Übel war.
Und dann ist er wieder bei der Allianz und Shepard darf nur "die Allianz kommt zu erst" von sich geben. Passt 0 zum angesäußerten Shepard aus ME und den angepissten Shepard aus ME2.
Shepard selbst weiß es wohl nicht, aber da ist ja noch Alec Ryder. Er wird unehrenhaft entlassen, weil er sich mit KI beschäftigt hat. (seltsam ist das Cerberus an ihm kein Interesse hatte) Und nicht nur er, auch seine Kinder werden sofort aus dem Dienst geworfen und diese bekommen nirgendwo mehr eine Anstellung. Was das eine mit dem anderen zu tun hat, hat MEA leider nicht erklärt, es brauchte aber eben einen Grund für die Zwillinge sich an der AI zu beteiligen. Alec Ryder wird aber geächtet und von der gesamten Allianz verurteilt, aber wozu ist Shepard gut genug? Ein schiefgelaufenes KI Experiment auf dem Mond abzuschalten, währenddessen wird Shepard auch noch verarscht und die Allianz bestreitet das es eine KI war und es darum ging.
Wie gesagt, Cerberus mag zwar vor ME3 und MEA eine etwas dubiose und fragwürdige Organisation sein, aber selbst während ME2 hat Cerberus nie geleugnet sich vielen Methoden zu bedienen und ihnen der Zweck oft die Mittel heiligt. Bei Cerberus kann man eher erahnen woran man ist, bei der Allianz nicht.