Hier mal eine Warnung: Wenn du den Runner umgebracht und die Synths dort freigelassen hast, dann hast du eine sehr gute Chance, dich für die Minutemen zu entscheiden. Wenn du nämlich unfreundlich zu Vater bist, den du nach der Schlacht von Bunker Hill am Dach des CIT (im Freien!) treffen sollst, dann schmeißt er dich aus dem Institut. Und genau das ist die Voraussetzung für das Minutemen Ende. Es gibt später noch genau eine Chance, weil das Institut und die Bruderschaft beide für Reaktoren ein Teil aus dem Mass Fusion Bau wollen. Wenn du hier die Bruderschaft informierst, fliegst du auch raus.
Du musst allerdings höllisch aufpassen, weil in der Zeit kann es leicht passieren, dass du den Auftrag bekommst, mit Kapitän Kells zu reden. Sobald du den ansprichst oder auch nur in seine Nähe kommst, bekommst du einen Quest/Auftrag, die Railroad auszulöschen! Nein sagen oder verschieben geht nicht! Und sobald das passiert ist, ist die gesamte Railroad feindselig, das kann nicht mehr repariert werden!
Bei der Railroad umgekehrt kommt der Auftrag, die Bruderschaft auszulöschen, erst etwas später.
Solltest du also beide (RR und BoS) erhalten wollen, musst du mit den MM spielen, und das geht erst, wenn du aus dem Institut geflogen bist.
Kommt also darauf an, wofür du dich entscheidest, aber in dieser Phase ist einiges kritisch. Es gibt zwar eine Warnung vom Spiel, dass man am Scheideweg ist, die kommt aber recht spät, vor der Quest in Mass Fusion.
Wenn du ein Railroad-Ende spielen möchtest, dann musst du länger im Institut bleiben, um die Synths zu retten, die dort sind. Aber die Bruderschaft musst du dann auslöschen.
Wenn du mit dem Institut gewinnen willst, bekommst du von dort Aufträge, die Railroad und die Bruderschaft auszulöschen.
Also jetzt genau überlegen, was du willst, denn bald musst du das sauber spielen, damit es so wird, wie du es haben willst.