Nur ganz kurz: Generell kann man alle Quests machen, auch im Institut, wenn man will. Aber sobald man die Quest mit Mass Fusion bekommt, wird es kritisch. Da schneidet man sich von gewissen Fraktionen los, je nachdem wie man es löst. Das ist der letzte Moment, wo man zum Beispiel das 'friedliche' MM-Ende bekommen kann.
Eine Schlüsselrolle hat der Kampf in Bunker Hill. Man soll dort befreite Synths wieder einfangen, und hat einen Synth-Jäger aus dem Institut dabei. Wenn man keine Feinde hat (Railroad freundlich, Bruderschaft freundlich) wird man dort nicht angegriffen, bis man die Synths erreicht. Man kann sie nun mitnehmen, oder freilassen. Lässt man sie frei, greift einen der Begleiter vom Institut an. Den muss man zerstören, dann ist noch immer nichts entschieden. Aber wenn man nun mit dem Leiter des Instituts unfreundlich redet, wird man rausgeworfen und das Institut ist nun feindselig. Das ist endgültig. Also kann man dann mit MM, RR, und Bruderschaft gewinnen, aber nicht mehr mit dem Institut.
Dasselbe passiert bei der Mass Fusion Queste, bloß muss man da nicht unfreundlich sein, da ist es entweder oder, je nachdem wie man es löst.
Sobald man aus dem Institut rausgeworfen wird, sind alle vom Institut feindlich. Nun muss man entscheiden, wie man das Institut besiegt. Es gibt 3 Wege:
Bruderschaft - der Riesenroboter Liberty Prime
Railroad - mit Hilfe von Spionen (aber das geht nicht, wenn man rausgeworfen wurde), dann empfehlen die dir, du sollst es mit den MM machen
MM - eindringen ins Institut und den Reaktor sprengen. Das ist ähnlich wie mit Liberty Prime.
Anmerkung zum Sieg mit RR: Dazu muss man im Institut bleiben, und das führt unweigerlich dazu, dass man die Bruderschaft als Feinde bekommt und sie zerstören muss! Wenn man keine Fraktion ausser dem Institut zerstören will, dann muss man sich unbedingt aus dem Institut rauswerfen lassen, dann kann man mit RR nicht mehr gewinnen, aber deswegen wird die RR nicht feindselig.
Am Ende ist das Institut zerstört, und wenn man das mit den MM gemacht hat und nicht vergessen hat, dort den Alarm auszulösen (dadurch können die Synths im Institut und auch die Menschen fliehen), dann sind Bruderschaft und Railroad freundlich. Man bekommt auch von der RR keinen Auftrag, die Bruderschaft zu zerstören und umgekehrt von der Bruderschaft nicht den Befehl die RR zu zerstören.
Das Problem ist nämlich (zumindest für mich), dass sowohl bei der Bruderschaft als auch im Institut Kinder und Familien sind. Deswegen kommt leider nur die MM-Lösung in Frage, weil die RR ist zwar ein wenig verrückt, aber auch sehr nett und sie haben keine bösen Sachen am Kerbholz. Deswegen will ich die nicht zerstören, und das muss man immer, wenn man anders als mit den MM abschließt, auch wenn man dem Institut hilft. Es ist sehr schade, dass es nicht mehr friedliche Lösungen gibt. Auch das Sprengen des Instituts finde ich sehr blöde, weil die haben eine Menge Ressourcen, die dann sinnlos verloren sind - das müsste auch anders gehen...
Aber Nebenquests und alles was man vor diesen Quests bekommen kann, kann man sorglos machen, ohne eine Fraktion zu verärgern.