Oh je 
Das hätte ich mal genauer durchlesen sollen, tut mir leid.
If you have existing savegames, and they appear to have gone missing after installing the patch, then chances are that your SaveGamePath registry value is set to a location in your private user folder. (The original default path is in your Documents folder). Such paths are diverted to the public Documents folder for the unpatched game, but not anymore after patching. Either locate the new folder and move your savegames there, or edit your registry to use the old path. Also note that Thief 3 Gold will use a separate folder for savegames, since original saves are not compatible.
Heißt, der Savegame Ordner hat sich durch den Patch wahrscheinlich schon wieder geändert
The full edition includes the mods The Minimalist Project, The Collective Texture Pack (a.k.a. John P), "GarrAT" Garrett Animation Tweaks, Thief 3 Gold and Briefing Videos. Please see those threads or the included readme files for more information. The update edition only includes the SU patch and the SneakyTweaker tool. It provides a much smaller download in cases where the mods are unchanged since the last release.
Thief 3 Gold ist eine Mod, die ebenfalls im Patch enthalten ist. Die ändert den Ordner NOCHMAL, und akzeptiert die alten Saves auch nicht mehr. Was die Mod hauptsächlich macht, ist die Ladezonen zwischen den Missionen größtenteils zu entfernen, indem beide Maps vereint werden. Daher gehen alte Savegames nicht.
Das heißt, wenn du noch Bock hast und doch lieber die alten Saves haben willst, müsstest du Thief 3 Gold wieder deinstallieren, den neuen Savegame Ordner finden und die Saves dort wieder rüberkopieren.
Hier ist die Frage, ob der Patch es dir erlaubt, T3 Gold wieder gesondert zu deinstallieren. Oder, ob er dich gefragt hat, ob du T3 Gold überhaupt haben willst. In dem Fall könntest du den Patch entfernen und ohne diese Mod wieder draufspielen.
Sonst gäbe es noch die Update-Version vom selben Patch, der keine zusätzliche Mods enthält.
Aber natürlich kannst du dir das auch sparen und von vorne anfangen, wenn es dir lieber ist.