Du kannst schon noch nach Rannoch fliegen (liegt afaik im Nachbarcluster des Perseus-Nebel), aber wenn du nun schon kurz davor bist, Cerberus anzugreifen, hast du die HQ auf Rannoch schon längst absolviert und damit auch deine Entscheidung bezüglich Geth-Quarianer getroffen. Es besteht also kein Grund mehr, quarianische Lebensschiffe vor einem Angriff der Geth-Jägerstaffeln zu bewahren.
Diese Quest kannst du nur erledigen, bevor du dich daran machst, die eigentlich HQ auf Rannoch zu erledigen. Das verhält sich so übrigens mit allen Nebenquests auf Tuchanka und Rannoch, die einen Bezug zur HQ haben.