Sehr schön, dann macht es meinen Abgang perfekt.

Bis WE bleibt ja noch Zeit.
Also das ist bishen komplex, weil der dritte Teil nirgendwo richtig zugehört. Es ist dort ja im Grunde nur die letzte Mission zu zählen, alle anderen Missionen sind während der Zeit und im Rahmen des ersten, zweiten und vierten Teil passiert (und dazu vollkommen chronologisch unabhängig), 47 erinnert sich ja nur zurück. Der zweite Teil kommt direkt nach den ersten Teil, bis dahin ist alles korrekt. 47 versucht seinen Sinn und Ruhe zu finden, wird aber aufgrund bestimmter Ereignisse zurück in die Agentur geholt. Sein zuletzt angekündigter Rachefeldzug blieb leer aus, er arbeitete weiter für die Agentur. Hier beginnt Hitman 4, danach nimmt man nach der 11. Mission die letzte Mission von Contracts hinzu und es geht dann wieder mit den 4ten Teil und letzter Mission weiter. D.h. er reist (Abspann Contracts) zurück mit dem Flugzeug in sein Unterschlupf und trifft sich mit Diana. Im Flugzeug brabbelt er zwar noch was von einen Auftrag, aber ich vermute dass es wieder nur ein Vorwand ist, wie im zweiten Teil.
Der Rest, was du fragst, wurde später hinzugefügt und wirkt ersteinmal aus der Luft gegriffen. Der Spruch, dass 47 tot sein soll, sollte wohl nur für Spannung beim Spieler sorgen, weil man ebenfalls schon im Optionsscreen den Eindruck bekommen hat 47 sei tot ("Ave Maria"). Du darfst nicht zu sehr nach Logik suchen, die Entwickler schieben alles sich im Nachhinein erst zurecht, sowas kenne ich eigentlich nur von Blizzard.
Man könnte sich da zwar noch was zusammenreimen, aber mir sind Details entfallen, ich habe zulange H4 nicht gespielt. Wahrscheinlich wird im 5ten Teil wieder Einiges aufgelöst und Neues hinzukommen.